如何更加科学、有效地进行育种管理工作，无疑是育种相关部门以及工作人员所关注的。随着时间的推移，基于相关育种研究结论以及相关育种经验的结合，我们发现了一套合理的育种方式，即集育种目标、育种资源、基础研究、育种程序和技术以及组织管理五大操作于一体的育种流程。其中，托普云农育种过程管理系统就是以上述为基础进行生产的一款育种设备。
然而，育种并不只是说分析数据就好，数据分析之后的根本是制定良好的育种策略，就是要在制定出合理育种目标的基础上，结合育种过程管理系统的使用，再从育种工作五个部分的相互联系性和层次性出发，综合运用育种有关学科的理论知识、育种经验以及各种育种技术手段对实现育种目标的动态过程或育种整体计划进行优化，并有效地组织实施，以经济有效地育种成新品种，提高育种效率、效果和效益。
实际上，若用户盲目地通过育种过程管理系统的应用进行育种过程的管理，极有可能会造成更多育种方面的失误。因此，只有通过合理育种策略、育种系统层次性观点以及系统结构优化方面进行考虑，才能在育种过程管理系统的帮助下实现高效的现代育种科学。
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